L'examen nécessite l'immobilité totale et est réalisé sous anesthésie générale. Votre animal doit donc être à jeûn depuis la veille au soir. Monitoring, surveillance de l'anesthésie et du réveil sont réalisés par un vétérinaire.

Une voie veineuse est systématiquement mise en place et sert à l'injection du produit de contraste. Contrairement à l'homme, les réactions allergiques induites par ces produits sont exceptionnelles.
La réalisation du scanner prend de quelques minutes à une heure maximum. L'animal est installé sur une table qui passe lentement au travers de l'anneau contenant le tube à rayons X.

Les images sont ensuite reconditionnées puis interprétées par le vétérinaire imageur, et un compte-rendu détaillé de l'examen est envoyé dans la journée à votre vétérinaire. Vous ne pouvez assister à l'examen (rayonnement). Votre animal vous est rendu après reveil complet, en général dans la journée ou 1/2 journée.

Dans quelques cas complexes, une seconde lecture externe  par un spécialiste imageur peut être nécessaire (le délai de réception du compte-rendu peut alors être majoré).